Báthory élete fejedelemmé választásáig 
1533. szeptember 27-én Somlyón született Báthory István (1477–1534) – aki 1530–1534 között János király erdélyi vajdája volt – és Telegdi Katalin (1492–1547) fiaként. Az akkoriban Erdélyhez tartozó Partiumban családja birtokolta a somlyói mellett a szatmári és szinéri uradalmat is.
Apja néhány hónappal születése után, 1534. március 17-én elhunyt, ezért Várdai Pál esztergomi érsek vállalta nevelését, majd az 1540-es években I. Ferdinánd bécsi udvarában apródoskodott. Humanista műveltséget szerzett, ám Padovában sosem tanult. Az ottani egyetemre unokaöccse, a későbbi Báthory Gábor fejedelem apja járt.[1] A reformáció terjedése idején is megőrizte katolikus hitét. Hazatért az akkor éppen Habsburg-uralom alatt álló Erdélybe, majd az 1556-ban visszatért Izabella és János Zsigmond híve lett: a rendek nevében már ő köszöntötte, és kísérte Kolozsvárra a hazatérő királynét. 1559-ben megkapta Erdély legjelentősebb katonai pozícióját, a váradi kapitányságot.
Izabella egykori tiszántúli főkapitánya, Balassa Menyhért 1561-ben átpártolt Ferdinándhoz, ami a Habsburg-Szapolyai küzdelmek újabb felvonásához vezetett. Báthory 1562-ben vereséget szenvedett Hadadnál vívott csatában Balassa seregétől, 1563-ban pedig követként járt Ferdinándnál (eredménytelenül), hogy feleségül kérje annak egyik lányát János Zsigmond számára. 1564-ben Balassa hibáját kihasználva előbb egykori családi birtokát: Szatmárt, majd Nagybányát foglalta el, amit a hadjáratot tovább folytató János Zsigmond fejedelem sikerei követtek. Az új császár és király, Miksa azonban 1565-ben a Németalföldről hazahívott Schwendi Lázárt, újdonsült magyarországi fővezérét küldte Erdély ellen. Schwendi és Balassa sikerei miatt János Zsigmond Báthoryt bízta meg, hogy tárgyaljon a békefeltételekről. A Szatmárban kötött ideiglenes megállapodást azonban a fejedelem a vele szövetséges törökök támadása miatt nem tartotta be, aminek következtében az erdélyi követként éppen Bécsben tárgyaló Báthoryt Miksa két és fél évre fogságba vetette. Távollétében János Zsigmond Bekes Gáspár befolyása alá került, így a hazatérő Báthory kiszorult a fejedelmi udvarból. A Bekes által letárgyalt 1570-es speyeri egyezmény úgy rendezte a két uralkodó viszonyát, hogy János Zsigmond lemondott magyar királyi címéről, Miksa pedig elismerte őt erdélyi fejedelemnek, azzal a feltétellel, hogy magvaszakadtával Erdély is a Habsburgoké lesz.
